Das Atmel Studio will den JTAG auf einer aktuellen Firmware-Version betreiben.
Wenn der JTAGICE3 mit anderen Version des Atmel Studios angeschlossen worden ist, stimmt die Firmware Version eventuell nicht. Insbesondere das Downgrading macht oft Probleme.
Eine Anleitung dazu sowie das Tool dazu ist auf der Atmel Homepage zu finden.
Unter dem Atmel Studio 6.2, SP1 kann es Schwierigkeiten mit dem Laden einer neuen Firmware geben. Hilfreich ist hier die Seite http://atmel.force.com/support/articles/en_US/FAQ/JTAGICE3/?l=en_US&fs=RelatedArticle