Wie unter Erste Schritte beschrieben, die C/C++ Perspektive öffnen.

1. File → New → C Projekt wählen.
   
2. Projektname eintragen
3. Project type: AVR Cross Target Application → Empty Project wählen
4. Als Toolchain AVR-GCC Toolchain wählen
5. 2 mal Next wählen
   
6. Unter MCU Type den AT90USB1287 wählen
7. Bei der Frequency kann der Standardwert belassen werden.
   
8. Finish wählen
9. Im Project Explorer befindet sich nun das leere Projekt.
10. Rechtsklick auf den erstellten Projektordner und Properties öffnen
11. Unter C/C++ Build → Settings → Additional Tools in Toolchain den Haken bei Generate Hex file for Flash memory setzen und mit OK bestätigen
    
12. Über File → New → Source Folder den New Source Folder Dialog starten
    
13. Dem Folder eienen Namen geben und Finish wählen.
    
14. Im Project Explorer ist der Source Folder sichtbar.
    
15. Mittels Rechtsklick auf dem Source Folder → New → Source File den New Source File Dialog starten.
    
16. Dateiname mit Datei-Extension ('.c') setzten und mit Finish bestätigen.
    

Nach einmaligen Bilden unter Project → Build All wird das Projekt standardmässig bei jedem Speichervorgang neu gebildet. Falls dies manuell geschehen soll, muss die Option Project → Build Automatically ausgeschaltet werden. Anschliessend können das Projekt oder auch einzelne Files unter Project gebildet werden.

1. Unter Start → Programs → Informatik → Atmel AVR Tools → Flip 3.4.1 starten
2. Auf IC Symbol klicken und Device auswählen (AT90USB1287) → OK
3. Hex File auswählen unter File → Load Hex File
4. Target in den Bootloader Modus umschalten. Dazu HWB drücken und gedrückt halten. Anschliessend auf Reset drücken. HWB erst nach dem Reset wieder loslassen
5. Auf USB Symbol klicken → USB → Open
6. Anschliessend das Programm mit Run auf das Target laden

1. Den Eintrag Open External Tools Dialg auswählen
   
2. Im linken Abschnitt Doppelklick auf Programm
3. Unter Name Download eingeben
4. In das Feld Location mit Hilfe des „Browse“-Knopfes den Pfad C:\Programme\Atmel\Flip 3.4.1\bin\batchisp.exe einfügen
5. In das Argument Feld -device AT90USB1287 -hardware USB -operation erase f loadbuffer ${resource_loc} program verify einfügen
6. Mit Apply → Run bestätigen (Das Run wird nur ausgeführt, damit der Eintrag „Download“ unter erscheint. Die Fehlermeldung die darafhin in der Console ausgegeben wird, ist in diesem Fall normal)