Mittels eines entsprechenden Plugins können die meisten Versionsverwaltungssysteme direkt in Eclipse integriert werden. Die wichtigsten im Überblick:

• SVN: Subclipse und Subversive
• GIT: EGit
• Mercurial: MercurialEclipse

Am NTB wird als Versionsverwaltungssystem Subversion (SVN) eingesetzt. Aus diesem Grund ist in allen Eclipse-Installationen am NTB das Plugin Subclipse installiert.