Das Cross-Compilieren mit der Emdebian Toolchain erfolgt nach dem gleichen Schema wie compilieren für den Host. Um die Anwendungen, die zur Toolchain gehören von den anderen unterscheiden zu können, beginnen alle mit dem Präfix arm-linux-gnueabi-.
Ein C-Programm wird zum Beispiel folgendermassen übersetzt:

arm-linux-gnueabi-gcc hello.c