Das Cross-Compilieren mit der Emdebian Toolchain erfolgt nach dem gleichen Schema wie compilieren für den Host. Um die Anwendungen, die zur Toolchain gehören von den anderen unterscheiden zu können, beginnen alle mit dem Präfix arm-linux-gnueabi-.
Ein C-Programm wird zum Beispiel folgendermassen übersetzt:

arm-linux-gnueabi-gcc hello.c

Wenn das Kernelmodul für ein Target mit einer anderen Architektur, als die des Hosts, übersetzt wird, muss ebenfalls cross-compiliert werden. Um ein Kernelmodul zu übersetzen wird meist ein Makefile erstellt. Dieses kann einfach angepasst werden, damit ebenfalls, wie beim übersetzen für den Host, make modules ausgeführt werden kann.

modules:
     $(MAKE) ARCH=arm CROSS_COMPILE=arm-linux-gnueabi- -C $(KERNELDIR) M=$(PWD) modules

Genaueres dazu ist auch im Skript Linux Treiberentwicklung zu finden.